Fabrikaya gelen hammaddeler önce tanklarda depolanır. Katı ve sıvı hammaddeleri yani monamonyum fosfat, fosforik asit, amonyum sülfat, üre, sülfürik asit gibi hammaddeler tanklarda depolanarak kullanım için saklanmaktadır.

Deniz kıyısına kurulmuş olan Gübretaş'ın temel ilkelerinden biri de çevreye saygıdır. Birçok asit fosfor maddesi kullanan fabrikadan denize ve havaya zehirli atık ve gaz verilmemektedir. Gübrenin bütün atıkları, yeni üretilecek gübrenin bünyesine dahil edilmektedir.

Depolardan gelen hammaddeler daha sonra işlenmeye geçer. Hammaddelerinin içindeki azot, fosfat, asit ve diğer kimyasal maddeler karıştırılırken kontrol odasında el değmeden, gelişmiş ileri teknikler kullanılarak ölçülmekte ve denetlenmektedir. ölçümler çok gelişmiş bir kontrol odasında elektronik olarak yapıldığından hata payı minimuma indirilmiştir.

ölçümleri tamamlanan karışımlar dev tamburlarda karıştırılır ve granül taneciklere dönüştürülür. Karışımlar kurutma ünitesine gelir kurutma ünitesinde bir yandan gübre tanecikleri kurutulurken diğer taraftan da kurutucu gazlar, bu iş için düzenlenmiş kulelerde yıkanır. Hazırlanmış gübre tanecikleri Türk Standartları Enstitüsünce belirlenen formatlara getirilebilmek için elekten geçirilir, ve ebadı büyük parçalar granolatöre tekrar gönderilir.

Laboratuarda ayrıca hammaddelerin uygunluğu, ara ve mamul maddelerin tahlilleri de yapılır. Tüm analizler, fabrikalar çalıştığı sürece aralıksız 24 saat devam etmektedir. Günde 16 kez uluslararası standartlar ölçüsünde analizler yapılarak, gübrenin kullanımıma uygun olup olmadığı tespit edilmektedir. Laboratuvarda ayrıca toprak analizi ve gübre ile ilgili araştırmalar da yapılmaktadır.

NPK 1 ve NPK 2 fabrikalarında üretilen gübreler üstü kapalı taşıma bantları ile torbalama bölümüne gelir. Torbalama bankerleri 2 tanedir. Bankerlerden gelen gübre otomatik kantarlarda tartılır ve her bir torba 50 kg. olacak şekilde el değmeden torbalanır.

Torbaların ağzı dikilir, artık gübreler çiftçinin kullanımına hazır hale gelmiştir.

Torba ağızları dikildikten sonra torbalar yükleme bantları üzerinden geçirilerek gübreleri taşıyacak kamyonlara dek ulaştırılır.

Kamyonlara yükleme yapacak 5 adet araba yükleme bandı vardır ve günlük ortalama 2100-2200 ton gübre sevkiyatı yapılabilmektedir.

Kamyonun veya yükleme yapılacak vagonun bulunmadığı durumlarda ise paketlenen gübreler depolanmaktadır.